Il Professor Fine ormai non ha più freni e minaccia di usare un virus informatico che potrebbe causare il caos sul pianeta Terra, in realtà il suo vero scopo è un altro: liberare Zod dalla sua prigione, la Zona Fantasma. Clark cerca di fermarlo, mentre Lex cerca di prendere una decisione che potrebbe comportare la fine della sua storia con Lana.