Lincoln, Mahone, Self e T-Bag sono al loft e interrogano Vincent Sandinsky cercando di capire se sia in relazione con Christina. Michael telefona a Lincoln avvisandolo dell’intenso scambio di e-mail tra Christina facendo così perde la pazienza a Lincoln fino a minacciare VS con una pistola fino all’arrivo del Generale; Questi svela di conoscere già VS visto che è stato membro della Compagnia per 21 anni, il quale confessa subito di lavorare con Christina, e svela anche dove lei si trovi. Il Generale concede ancora un giorno a Lincoln, Alex e Don Self per chiuedere la faccenda mentre T-Bag, che aveva fatto la soffiata, viene sollevato dall’incarico e inizia ad entrare nelle sue grazie. Michael, in un magazzino del porto, chiama Christina dal telefono di VS di proposito per farsi rintracciare così che Christina e il collaboratore Downey si rechino dove si trova; Michael entra nella loro macchina lasciata incustodita ed infila una bustina nelle prese d’aria e mette il condizionatore al massimo; Una volta accesa l’auto la busta, contenente un composto tossico che Michael aveva precedentemente realizzato, intossica Christina ed i suoi uomini permettendo alla coppia di rapirla. Lincoln e compagni arrivano nell’appartamento dove soggiornava Christina e lo perquisiscono, trovando una busta con le lettere DMB e un numero. Con una telefonata al Generale scoprono, per confessione di VS che DMB sono le iniziali di una banca e il numero è quello di una cassetta di sicurezza. Michael cerca di farsi dire dove si trovi Scylla, ma non vi riesce; anche Sara prova un faccia a faccia con Christina, ma la donna ha intuito come la compagna del figlio sia incinta; Michael prova una seconda volta ma alla fine della discussione Christina gli rivela che lui e Lincoln non sono fratelli: Lincoln era stato adottato da Aldo Burrows dopo che i suoi genitori, che a loro volta lavoravano per la Compagnia, erano rimasti uccisi. Michael è visibilmente scosso, ma alla fine, minacciando Christina, riesce a farsi dire della conferenza sull’energia al Panda Bay Hotel, confidandogli che probabilmente ci troverà anche Lincoln. Michael decide di recarsi lì, e lascia a Sara la custodia di Christina, la quale però, con la stessa arguzia del figlio Michael, riesce a liberarsi ed a scappare, lasciando Sara legata al tavolo dell’appartamento promettendole che avrebbe visitato il futuro nipotino. Lincoln, Mahone e Don Self vanno alla banca per aprire la cassetta di sicurezza, ma Downey li ha preceduti di poco, ed infatti lo vedono allontanarsi con una valigetta, inseguendolo; Downey arriva all’Hotel della conferenza sull’energia e vi entra, seguito da Lincoln, mentre Mahone e Don Self restano fuori. Christina si mette in contatto prima con Downey e poi con Naveen Banerjee, il quale sta per parlare alla conferenza. Al loft, il Generale, ottenuta l’informazione della conferenza nuovamente da VS, intuisce che il piano di Christina è quello di vendere Scylla all’India per trarre un grandissimo profitto economico, riconoscendo anche che questo potrebbe essere l’inizio di un conflitto mondiale. Dopodiché ordina a T-Bag di uccidere Sandinsky come prova della sua lealtà. All’hotel Lincoln insegue Downey, che riesce a sfuggirgli. Alex e Don Self notano una macchina parcheggiata proprio di fronte ad un’uscita e, perquisendola trovano dei passaporti con le loro foto, intuendo di essere caduti in una trappola. Nel frattempo un cecchino vestito da cameriere spara a Naveen Banerjee uccidendolo e scappando proprio prima di venire bloccato da Lincoln; Prima di fuggire l’attentatore ha però gettato un proiettile, toccato da Lincoln durante la perquisizione del nascondiglio della madre, vicino al fucile. Mentre Michael entra nell’hotel, Lincoln rimane bloccato nel punto da cui il cecchino aveva sparato, in compagnia dell’arma del delitto e del proiettile, nuovamente incastrato per un omicidio che non ha commesso. I due fratelli sono ora nuovamente uniti.