In un flashback una spedizione subacquea di ricerca trova il relitto dell’aereo del volo 815 nelle vicinanze di Bali. Alla notizia viene dato ampio risalto sui mass media e si vede Daniel, l’uomo che si è paracadutato per primo sull’isola dall’elicottero, che reagisce piangendo alla notizia. Tramite il telefono di Naomi, il nuovo arrivato contatta la nave e, grazie ai GPS che tutti hanno in dotazione, lui, Jack e Kate vanno alla ricerca degli altri della spedizione. Sugli scogli incontrano il primo, Miles Straume, un sensitivo, che minaccia Jack e Kate con una pistola e vuole essere portato al cadavere di Naomi: la donna infatti aveva avvertito i suoi compagni di essere stata uccisa tramite un codice segreto. Miles grazie ai suoi “poteri” capisce che la storia di Jack e Kate è vera: Naomi è stata uccisa da Locke. Ancora nella giungla, Sayid e Juliet intervengono a sorpresa capovolgendo la situazione, ora sono loro a tenere in pugno le armi, costringendo Miles e Daniel a seguirli. In un flashback presso Médenine, in Tunisia, due donne arrivano sul luogo dove si svolgono degli scavi archeologici: una di esse è Charlotte Staples Lewis, che trova lo scheletro di un orso polare accanto al quale si trova un collare sul quale è fissato un ottagono con il logo della Stazione Idra del Progetto DHARMA. È il gruppo di Locke a trovare Charlotte: Ben prova ad ucciderla rubando la pistola di Karl, ma la donna indossa un giubbotto antiproiettile e rimane illesa. Seguendo un razzo segnalatore il gruppo di Jack trova un altro membro della squadra: si tratta di Frank Lapidus, il pilota dell’elicottero, l’uomo che avrebbe dovuto pilotare il volo 815 e che (in un flashback) ha segnalato al numero verde della compagnia aerea che quello che è stato fatto vedere in televisione non può essere il vero volo Oceanic 815. L’uomo è riuscito a portare a terra l’elicottero senza danni. Locke sta conducendo il suo gruppo verso la capanna di Jacob. Hurley accenna al fatto di averla vista, ma poi svia la conversazione. Sia Ben che Locke però hanno intuito la verità e ne sono molto sorpresi. Locke dice a Sawyer di fare quel che sta facendo perché gliel’ha chiesto Walt. In un flashback vediamo Naomi prendere ordini dal misterioso Matthew Abbadon: dovrà portare sull’isola quattro persone (i quattro dell’elicottero) e riportarle indietro sane e salve. Alla richiesta di Naomi sulla possibilità di incontrare sopravvissuti del volo 815 questi ribadisce due volte che “non vi sono sopravvissuti”. Miles, una volta che Frank scopre che Juliet non era sull’aereo, confessa che il loro scopo principale non è salvarli ma catturare Benjamin Linus che, in un altro punto dell’isola, sta per essere giustiziato da Locke. Ben però la scampa affermando di essergli ancora utile, dato che ha una spia sulla nave dalla quale proviene Charlotte.