Savonarola, che aveva raccolto la confessione di Tommaso, denuncia la sua uccisione e accusa apertamente Lorenzo, che però continua a negare. Clarice, che ha scoperto di essere incinta e spera in un nuovo inizio per lei e il marito, comincia a sospettare la verità. Per continuare la sua strategia di controllo sulla Santa Sede, il Magnifico promette la mano della figlia Maddalena al figlio del Papa, scatenando una crisi familiare che porta alla rottura con la moglie.