La puntata inizia esattamente come il primissimo episodio: Jack si risveglia di soprassalto tra le canne di bambù con in mano un foglietto strappato sul quale appaiono scritte le parole “I wish…” (“Vorrei…”). All’improvviso sente gridare aiuto e si mette a correre verso la voce che, ora, chiama il suo nome. Arrivato in prossimità di una cascata, vede Hurley che cerca di tenersi a galla, aggrappato alla custodia di una chitarra. Si tuffa e lo aiuta a risalire in superficie; voltandosi vede il corpo di Kate poco distante. Corre a prestarle soccorso e lei, risvegliandosi, gli chiede se è proprio vero che sono tornati. La scena si sposta a 46 ore prima: Jack, Sun, Ben e Desmond sono nella chiesa in cui li ha accolti Eloise Hawking. Proprio lei li porta in una grande stanza attigua alla quale si accede tramite una tipica botola DHARMA, al centro della quale si muove un enorme pendolo su una carta geografica: è il Lampione, la prima stazione DHARMA mai costruita. Eloise porge a Jack un quaderno ed inizia a spiegare loro che la stazione stessa si trova sopra una sacca di energia elettromagnetica particolare, e che esistono molti posti del genere, tra di loro interconnessi, ma che agli scienziati che lavoravano al Progetto DHARMA interessava trovarne solo uno: l’isola. Questa, però, è difficile da localizzare poiché si muove continuamente nel tempo e nello spazio, ma, attraverso calcoli molto complessi, uno scienziato era riuscito a mettere a punto un sistema grazie al quale poteva calcolare la sua posizione nel tempo. Per raggiungere l’isola sarebbe stato necessario passare attraverso delle “finestre” spazio-temporali. Se Jack e gli altri volessero tornare, dovrebbero utilizzare una di queste, salendo sul volo della Ajira Airways 316 Los Angeles-Guam. Desmond chiede agli altri, incredulo, se vogliono davvero tornare sull’isola e comunica ad Eloise il messaggio ricevuto da Daniel che la pregava di aiutarlo. Eloise lo rassicura di stare facendo tutto il possibile, Desmond se ne va, dicendo che ogni suo rapporto con loro e con l’isola è definitivamente chiuso. Eloise prende da parte Jack, gli consegna la lettera che gli ha scritto Locke prima di morire, e gli rivela che per tornare sull’isola si dovrà ricreare, proprio per Jack, la situazione originaria del primo incidente aereo: dovrà quindi occuparsi lui del corpo di Locke, come aveva fatto per quello di suo padre, dandogli anche un oggetto appartenuto a quest’ultimo, in quanto proprio Locke sarà il “tramite” e il “sostituto” per il ritorno. Il gruppo si separa e ognuno si prepara alla prossima partenza. Tornato a casa Jack trova Kate in camera da letto, che gli dice che lo seguirà ancora una volta ma che non porterà Aaron con sé. Il mattino successivo Jack va a recuperare il corpo di Locke, e gli infila le scarpe di suo padre. Da lì andrà all’aeroporto e si imbarcherà sul volo 316. Sull’aereo si ritrovano tutti: Ben, Kate, Sun, Hurley e Sayid (che è ammanettato e in compagnia di una poliziotta, Ilana). Sull’aereo scopriranno che il pilota è Lapidus, che pare non sapere nulla ma che capisce subito che non arriveranno mai a Guam. Jack parla con Ben riguardo alla lettera di Locke, che ancora non ha letto, e gli rivela di essere spaventato da quello che potrà leggervi sopra. Ben lo rassicura e lo lascia solo. Jack apre finalmente la lettera, e legge: “Jack, I wish you had believed in me. JL” (“Jack, vorrei che mi avessi creduto”). All’improvviso l’aereo comincia ad avere alcuni problemi, compare un lampo accecante e ci si ritrova alla scena iniziale. L’episodio si conclude con Jack, Kate e Hurley sull’isola che vedono sopraggiungere il pulmino azzurro della Dharma Initiative, dal quale scende, puntando loro addosso un fucile, Jin.