Booth porta nei laboratori del Jeffersonian un frigo contenente il corpo decomposto di una donna; è ora compito di Bones risolvere gli enigmi del caso. Viene però coinvolta sentimentalmente da un suo ex professore universitario, Maicol. Le indagini portano alla scoperta di una coppia che aveva dato alloggio alla defunta, e che probabilmente sono coinvolti con il suo omicidio. La coppia viene arrestata, e parallelamente, il coinvolgimento professionale e privato tra Bones ed il suo ex professore continua, fino alla scoperta di Booth: il professore è il medico legale della difesa, ed ora, dopo aver assimilato tutti i dati dell’accusa tramite la relazione con Bones, si ritrovano faccia a faccia in tribunale. Dapprima in evidente crisi, a causa della freddezza e nell’uso di un lessico da laboratorio che non convince la giuria da parte di Bones, l’accusa, su consiglio di Booth, sfigura Bones ai loro occhi, portandoli a conoscenza del suo passato di figlia orfana di genitori assassinati ancora senza giustizia; questo fatto scatena in lei un susseguirsi di risposte che la porterà a convincere la giuria ed a fare condannare la coppia.