Sheldon, desideroso di stroncare la riedizione della trasmissione del Professor Proton, rimane però colpito dall’interpretazione di Wil Wheaton nei panni del professore e, dopo aver scoperto che Howard è apparso come ospite, prova, dopo le doverose scuse, a convincere il presentatore a far apparire anche lui, che però sarebbe più interessato a Amy visto che è una donna. Sheldon allora lo propone alla fidanzata che rifiuta capendo che il ragazzo è invidioso e non vuole turbarlo. Sheldon ci rimane male quando scopre che sia la ragazza che i suoi amici si precludono molte cose per evitare di infastidirlo e, non volendo che Amy debba fare delle rinunce per colpa sua, la convince a presenziare al programma e incoraggiare così altre ragazze ad appassionarsi alla scienza. Nel frattempo Leonard, impegnato nella scrittura di un giallo che vede come protagonista un fisico di nome Logan Dean, fa leggere a Bernadette la bozza e lei mette in evidenza che Ilsa, il capo e l’interesse amoroso del protagonista, è ispirata a Penny, specialmente per via del comportamento di sufficienza e sarcasmo con cui si relaziona al protagonista; la ragazza ci rimane male sentendo che quella è l’opinione che suo marito ha di lei, ma poi il marito decide di lasciar perdere il libro quando comprende che in realtà (inconsapevolmente) Ilsa è ispirata a sua madre Beverly.