Per Tom e Jerry è solo un altro giorno di lotte fino a quando non si imbattono nelle piccole spie Jonny Quest e Hadji e nel loro cane Bandit. I tre sono alle prese con le perfide azioni del dottor Zin, che ha mandato in missione il suo malefico esercito di gatti per rapire il padre di Jonny, che ha un dispositivo per risolvere i problemi energetici del mondo, e la sua guardia del corpo.