Mentre è tenuto in stato di fermo nei pressi dell’Area 51, Mulder scambia il suo corpo con quello di un Man in Black che lavora all’interno dell’Area. Il fenomeno sembra essere stato generato da un velivolo che ha sorvolato il deserto creando una strana onda d’urto. Mentre il Man in Black è compiaciuto e approfitta della situazione per sfuggire alla monotonia della sua vita, Mulder invece si trova ad affrontare le difficoltà familiari e non dell’individuo di cui ha adottato l’identità. Mulder contatta Scully per spiegarle cosa è successo e cerca di incontrarla per farle avere la scatola nera del velivolo, ma il suo alter ego usa i contatti dell’FBI per farlo arrestare.